Ebubekir Hoca, 1823'te Şehrizor'un Hoşnav köyünde, yani bugünkü Kuzey Irak'ta doğmuştu. Hoşnav aşiretinden olan Ebubekir, şeceresine bakılacak olursa, Hz. Muhammed'in soyundandı; yani bir başka deyişle, 'Seyyid' idi. İlk tahsilini dedelerinden Emir Süleyman adına köyünde kurulu medresede yapan genç Ebubekir daha sonra Bağdat ve İstanbul'da okudu.

Aile kaynaklarına göre, İstanbul'da okuduğu dönemde, memleketine hiç gitmemiş hatta kendisini ziyarete gelen annesi, onun medreseyi bitirip Bağdat'a 'müderris' atandığını arkadaşlarından öğrenerek, Bağdat'a oğlunun ders verdiği medreseye gelmiş. Fakat burada da onun derse kendisini ne derece çok verdiğini görerek, oğlunu uzaktan hayranlık ve memnuniyetle seyretmekle yetinmiş, konuşup görüşmeden köyüne dönmüştü.

Ebubekır Hoca'nın Bağdat'ta bulunduğu yıllarda, Bedevi istilası sonucu Şehrizor'daki aşiret zora düşüp ailesi de sıkıntıya girince, Ebubekir de onlarla birlikte Erzurum'a göç etmişti. 1860'ların başında Erzurum'a yerleşen ve Sarayönü Medresesi'nde hocalığa başlayan Ebubekir Efendi'nin bu dönemde evli olduğunu ve Tehime' adlı bir kızı bulunduğunu yine aile kaynaklarından öğreniyoruz.

Ebubekir Efendi'nin yaşamını değiştiren gelişmeler, onun hem para karşılığı Til köyündeki Molla Hasan Banuki Vakfiyesi'nin işlerini takip etmek hem de Erzurum'daki kıtlık nedeniyle akrabaları için padişahtan yardım istemek üzere, 1862 başlarında İstanbul'a gelmesiyle başlar.