Ebubekir Efendi bu zor koşullar altında hemen harekete geçer; Capetown'da Bree ve Wale caddelerinin kesiştiği köşede kiraladığı bir evde, hem ikamet eder hem de burada bir okul açarak eğitim ve öğretime başlar.Ayrıca hafta tatili olan Pazar günleri de yaşlı insanlara bu okulda din dersleri vermeye, onlarla sohbet toplantıları yapmaya koyulur.

Ebubekir Efendi'nin 1863'te karşılaştığı Capetown Müsümanları, Ümitburnu'na 300 yıl önce Cava adalarından zorla göç ettirilmiş, Cava, Felemenk ve İngiliz dillerinin karşımı yeni bir dille konuşan, çoğu arabacı, balıkçı ve çiftçi, zengini pek olmayan, batıl gelenek ve göreneklerini din haline getirmiş bir topluluktu. Üstelik farklı mezhep ve tarikatlar arası kavgayla birbirlerine düşman kesilmiş, biri öbürünün mescidinde namaz kılmayacak derecede zıtlaşmış bir topluluk...

Ebubekir Efendi'nin ilk izlenimlerine göre, Hollandalılarca yasaklanan Müslümanlığın iki yüzyıldan fazla bir süre, ancak sözlü olarak yaşayabilmesi, birçok sorunu da birlikte getirmişti. Bir tarafta eski geleneklere bağlı babasının yerine imamlığı devralan imamlar; diğer tarafta Mekke'ye hac için gidip öğrendiği yeni bilgilerle mürşidliğe soyunan şeyhler vardı.

Hiçbir dini grupla işbirliği yapmayan Ebubekir Efendi, her gruba karşı eşit mesafede durur. Onların yanlış alışkanlık ve davranışlarını fazla eleştirmeden eğitimikni sürdürür. Üç ayda 300 kadar erkek ve kız öğrenci toplayan Ebubekir Efendi, 7 ayda da yerel dili eğitim ve öğretimde kullanacak kadar öğrenir. Uzak bölgelerden bile okula öğrenciler gelir. Üç yıl sonra okul ilk mezunlarını verir. Onlar da yeni okullar açarlar. Hatta Cape eyaleti dışından, Natal'dan, Zengibar, Hinduan ve Morris adalarından, Transual'den öğrenciler gelerek bu okulu bitirip kendi memleketlerinde benzeri okullar açarlar.