Yılanın ağzındaki zehir sistemi, içleri oyuk zehir dişlerinden, hu dişlere bağlı zehir bezlerinden ve bu bezlerin içindeki zehirden oluşur. Tabii bir de av ısırıldığında sistemi çalıştıracak, bezlerdeki zehri kanallar yoluyla dişlerin içinden ısırılan yere geçirecek bir refleks.

Araştırmacılar zehir bezlerinin aslında değişime uğramış tükürük bezleri olduğunu, yılanların zehirlerini aslında sindirim amacıyla geliştirdiklerini ama sonradan proteinler güçlendikçe bunların zehir haline dönüştüklerini ileri sürüyor. Gerçekten de yılan zehri aynı zamanda avın etini eritmeye yarayan kuvvetli bir sindirim sıvısıdır. Zehirsiz yılanlarda bile zehirli olan kuvvetli bir sindirim sıvısı vardır. Yılanın ısırdığı vakit, zehir miktarım ve zehir kalitesini avına göre ayarlayabildiği inancı yanlıştır, ancak zehirler yılan türlerine göre yapı ve bileşim bakımından farklılıklar gösterir.

Yılan zehrinde esas olarak protein içerikli maddeler vardır. Bu karmaşık proteinler zehir karakteri gösteren esas maddeler oldukları gibi, avın kan ve kemik dokularını parçalayarak sindirimi de kolaylaştırır. Yılan zehrinde genellikle yüzde 95 kanı, yüzde 5 sinirleri etkileyen elementler vardır, yani zehir öncelikle doğrudan kana karıştığı, dolayısıyla metabolizmaya geçtiği vakit tehlikelidir, ancak az da olsa sinir sistemine doğrudan etki edebilir, sinirler çalışmayınca da felç meydana gelir.

Yılanın zehri bezlerin içinde oluşturulup depolandıkları, kanallar ve dişlerin içinden geçerek doğrudan dışarı verildikleri için yılanın kendi vücudu içinde kana karışma veya sinirlere ulaşma ihtimali, dolayısıyla yılanın kendi zehri ile kendini zehirleme tehlikesi yoktur. Yılan zehriyle öldürdüğü hayvanı yutarken, avda kalan zehir de tekrar kendi vücuduna geçer. Ne var ki avın kanına karışan ve metabolizmasına geçen zehir epeyce zayıflamış olur ve yılanın midesinde sindirim sırasında kolayca tahrip edilir. Kuvvetli mide asidinin zarar veremediği mide iç yüzü son derece sağlamdır ama midede bir yara oluştuysa, zehrin kana karışması açısından az da olsa bir tehlike var demektir. Yani yılan zehrini doğrudan içmek kimseyi zehirlemez inancı da tam doğru değildir.

Zaten birçok yılan türünde kendi zehrine karşı doğal bir bağışıklık vardır. Yılanın vücudundaki şeker moleküllerindeki proteinler ile zehirdeki proteinler uyuşmazlar ve yılan kazara kendini ısırsa bile kendi zehrinden etkilenmez. Bu bağışıklığın niçin bazı yılan türlerinde olup diğerlerinde olmadığının sebebi ise bilinmiyor.