Konfederasyon tarafı CSS Virginia ile saldırı planlamıştı. Ancak CSS Virginia’ya kimin kaptanlık edebileceği konusu Konfederasyon tarafında son derece karmaşık bir hal almıştı. En sonunda CSS Virginia kaptanı olmadan denize açıldı. En azından teknik olarak bir kaptanı yoktu. Birlik tarafı ise CSS Virginia’yı karşılamak için planını hazırlamıştı ama bu plan uygulanırken Birlik gemisi karaya oturmuştu.

Birlik tarafı için daha da kötüsü deniz muharebesi günü geldiğinde Birlik amiral gemisinin aslında karaya oturan gemilerden birisi olmasıydı. Bu yüzden muharebede Birlik tarafı lider sıkıntısı çekecek gibi duruyordu. Bu problem Birlik tarafı açısından büyük bir şansızlık oldu. Neyse ki Birlik tarafında yeni bir amiral gemisi seçildi ve Birlik muharebeye hazır denebilecek bir halde beklemeye başladı.