1291 yılına gelindiğinde Anadolu üzerindeki baskısını iyice artıran Moğollar en sonunda hem Anadolu halkını hem de kendi isteklerini yerine getirebilen, memnun edebilen yöneticileri Anadolu'ya göndermeyi başarmıştı. Bu durum ise Moğolların artık askeri olarak Anadolu'dan yavaş yavaş çekilmesi anlamına geliyordu. Tabi Moğolların Anadolu'dan çekilme anı ise tekrardan kargaşanın ve isyanların başlamasına neden oldu. İlk isyanı başlatanlar Karamanoğulları oldu. Karamanoğulları önce Beyşehir'i sonra da Konya'yı yağmaladılar.

Moğolların askeri olarak çekilmesi Anadolu'da yeniden kargaşaları başlatmıştı. Karamanoğullarının saldırısına karşım, öncelikle Anadolu Selçuklu Devleti kendi içinde bir çözüm bulmaya çalıştı. Ancak işin kötüsü, Anadolu Selçuklu Devleti'nin tek başına kendi kuvveti Karamanoğullarını engellemeye yetemedi. Yani şöyle düşünün, bir devlet kendi içinden bir beyliğe güç yettiremiyor. Bir devletin içindeki bir beylik o devletten daha güçlü konuma gelmiş. Bu durum ise ne yazık ki yine Sultan Mesud'un Moğollardan yardım istemesine sebep oldu. Ve Moğollar tekrardan Anadolu'ya girdi. Anadolu'ya girdikten sonra Konya'ya kadar ilerleyen ve Karamanoğullarını durduran Moğollar, Konya'daki halka da günlerce zulmettiler. Beyliklerle dolu olan Anadolu Selçuklu Devleti'nin iç yapısı, onu isyandan ve kargaşadan kaçamaz bir hale doğru sürüklemişti.