Tahta II. Bayezid geçtiğinde, Fatih dönemine karşı büyük bir tepki oluşmuştur. Fatih, ömrünün son yıllarında mülk ve vakıf toprakların önemli bir kısmını tımar sistemine dâhil etmişti. Bu siyaset yüzünden mağdur olanlar ise Amasya'da Şehzade Bayezid'in etrafına toplanmışlardı. Şehzade Bayezid, babasının vakıf ve mülklere ilişkin yeni düzenlemesini ağır dan almış, ayrıca İstanbul'a gönderilmesi istenen bir tüccarı da teslim etmemişti. Bu yüzden de babası ile arası bozulmuştu. Bayezid padişah olduktan sonra, babası zamanında devletleştirilmiş toprakları sahiplerine geri verdi.

Cem Sultan olayı ve Fatih dönemindeki bitip tükenmek bilmeyen fetih hareketleri nedeniyle, Bayezid döneminde, gaza faaliyetlerine bir süre ara verilmiştir. Bu yıllarda, daha ziya de akıncılar gönderilerek Dalmaçya ve Tuna kıyıları yağ malandı. 1483'te de Hersek tam olarak Osmanlı hâkimiyetine geçti.

Fatih döneminde Osmanlı hâkimiyetine giren Kırım Hanlığı ile kara bağlantısı yoktu. Bunun sağlanması için, Boğdan'ın elinde bulunan Kili ve Akkerman'ın alınması gerekiyordu. Fatih döneminde buna teşebbüs edilmiş, ancak Stefan Çel Mare karşısında başarılı olunamamıştı.

Edirne'den yola çıkan Osmanlı ordusu, 1484 yılı yazın da rahatlıkla Kuzeybatı Karadeniz'in iki önemli kilit noktasını Kili ve Akkerman'ı fethetti. Bunun üzerine Stefan Çel Mare, Osmanlı hâkimiyetini tanıdı. 1503'te yapılan antlaşma ile Macaristan ve Lehistan, Osmanlı fetihlerini tanıdılar ve bu iki voyvodalık, kesin olarak Osmanlı İmparatorluğu'nun vassalı oldu.