Cem Sultan olayını Osmanlı'ya karşı kullanan Venedik, 1482 de yapılan antlaşma ile Osmanlı'ya vergi vermeyi bırakmış ve ticari imtiyazlarını artırmıştı. Ancak Mora ve Ege' de, iki devlet arasında çekişme vardı. Cem Sultan'ın ölümünden sonra Venedik baskı altına alındı. Venedik tüccarlarının Osmanlı ülkesinden tahıl alması yasaklandı. Bazı Venedik gemileri zapt edildi. Venedik'in Dalmaçya'daki topraklarına akınlar yapıldı.

Venedik bütün bunlara rağmen Osmanlı'ya savaş açmadı; ancak Fransa ile bir antlaşma yapınca, Osmanlı bu nu savaş nedeni kabul etti, 1494 yılı Temmuz ayının başlarında başlayan savaşta, Osmanlı donanması kara birliklerinin desteğiyle, 28 Ağustos'ta İnebahtı'yı fethetti.

Mora'da daha önce fethe dilemeyen Modon ve Koron alındı. Osmanlı kuvvetleri Hırvatistan ve Dalmaçya'ya girdiler. Milano ve Napoli gibi İtalya şehir devletleri, Osmanlı'dan aldıkları ticaret imtiyazları nedeniyle tarafsız kaldılar. Lehistan ve Boğdan ile yapılan antlaşmalarla da bu iki devletin de tarafsızlığı sağlandı.

Bu arada, Papa'nın çabalarıyla kurulan Haçlı donanması 1501'de Ege'ye geldi. Osmanlı, denizlerde yeterince kuvvetli olmadığı için, bu donanmayı engelleyemedi. Midilli düştü. Ekonomik açıdan iyice zor duruma düşen Venedik'in barış istemesi üzerine, Lehistan'ın aracılığıyla, iki devlet arasında 1502'de antlaşma imzalandı.

II. Bayezid döneminde büyük fetihlerin yapılmaması bir olumsuzluk gibi görülür. Ancak Fatih'ten sonra fazla fütuhat yapılmaması, devletin sağlamlaşması açısından olumlu olmuştur. Bu dönemde daha önce fethedilen yerlerde Osmanlı düzeni oturtulmuş, Osmanlı devlet teşkilatı ve askeri yapı geliştirilmiştir.