49 tutuklu arasında, başta Kazım Karabekir Paşa olmak üzere, 15 milletvekilinin bulunması, mahkemenin nasıl bir anlayış içinde bulunduğunu kanıtlar. Hatta Kazım Karabekir'i serbest bıraktırmaya kalkıştığı için, dönemin başbakanı İsmet Paşa (İnönü) hakkında bile tutuklama kararı çıkartılmış, Cumhurbaşkanı'nın müdahalesiyle iş bastırılmış ve Karabekir tekrar tutuklanmıştı.

Reisliğini Ali (Çetinkaya) Bey’in sevmeyenlerinin verdiği lakapla Kel Ali’nin yaptığı mahkemede, sanıklar dört gruba ayrılmıştı:

• Suikastın asıl düzenleyicileri

• Terakkiperver Cumhuriyet Fırkası üyeleri

• Eski ittihatçılar

• Üçüncü derecede şüpheliler.

İzmir'deki mahkemenin sonucunda, ilk gruba dâhil olan 13 kişi, 13 Temmuz gece yarısı idam edildiler. Yakalanmamış olan es ki vali Abdülkadir ile Kara Kemal'in gıyaplarında idamlarına karar verildi. Aralarında Adnan (Adıvar), Rauf (Orbay), eski Maliye Nazırı Cavid Bey, eski milletvekillerinden Kara Vasıf, Hüseyin Avni gibi kişilerin bulunduğu 10 sanık Ankara'da yapılacak “Kara Çete” davasında yargılanmak üzere Ankara'ya sevk edildiler.

Terakkiperver Fırka'dan milletvekillerinin de yer aldığı büyük bir grup ise olayla ilgileri bulunmadığı için beraat ettirildi. Davanın İzmir İstiklal Mahkemesi'nden Ankara İstiklal Mahkemesi'ne sevk edilmesinin kökeninde, savcının, suikast çetesinin dışında, hükümeti devir meye yönelik bir “Kara Çete” nin varlığını iddia etmesi yatar.

İzmir'deki duruşmalarda sürekli olarak, İttihatçıların eski Maliye Nazırı Cavid Bey'in evin de toplantılar yaptıkları, suikast konusunun orada gündeme geldiği ve buna Terakkiperver Cumhuriyet Fırkası liderlerinin de katılmasına çalışıldığı iddiaları üzerinde durulmuştu. Kara Kemal, Kara Vasıf, İsmail Canbulat gibi, önde gelen İttihatçıların yönlendirdiği top­lantılar, iktidarı, suikast olayın dan çok daha fazla düşündürüyordu.