Selçuklu Devleti mezhep farklılığından dolayı yeni bir düşman kazanmıştı. İslam dünyasında mezhepsel farklılığın o dönemde iki ana faktörü ise Fatımiler ve Abbasilerdi. 1050’li yıllara gelindiğinde Fatımi Devleti zayıf bir durumdaydı. Bununla birlikte yine de Abbasiler için Fatımiler hala bir tehditti. 1051 yılında Abbasiler Bizans ile Fatımilerin arasını bozmak için çalışmalara başladı.

Selçukluların Abbasiler ile Fatımiler arasındaki gerginliğe 1051 yılında oldu. Selçuklu Devleti Bizans ile anlaşıp Mısır’a buğday verilmesini durduracak bir hamlede bulundu. Bu hem Bizans ile Fatımilerin arasını bozuyordu hem Abbasilerin planlarına uygun oluyordu hem de Selçuklu Devleti açıkça tarafını belli ediyordu. Fatımiler ise bu olaydan sonra askeri, siyesi ve ekonomik olarak Abbasilere tepkilerini göstermeye başladılar. Bunu yaparken bir yandan da bölgede ticaretin akışını kendi bölgelerinden geçirmeye çalıştılar.