Musa Çelebi, başarısını Mehmed Çelebi'ye borçlu olmasına rağmen, Edirne'yi ele geçirince onu tanımadı ve kendi hükümdarlığını ilan etti. Bizans'a verilmiş olan toprakları geri aldı ve 1411' de İstanbul'u kuşattı. Vergileri istemek üzere, Bizans'a Çandarlı İbrahim Paşa'yı gönderdi. Ancak İbrahim Paşa İstanbul'da kaldı ve Bizans İmparatoru Manuel'i, Çelebi Mehmed ile temasa geçmesi için teşvik etti.

Bizans, Musa Çelebi'nin kuşatması altında sıkıştığı için, Çelebi Mehmed'i Bursa'dan çağırarak onunla anlaşıp Rumeli'ye geçmesini sağladı. Fakat Çatalca civarındaki savaşta yenilen Çelebi Mehmed, kaçarak zor kurtuldu, Anadolu'ya geri döndü. Musa Çelebi tam ipleri eline geçirmişken, sertliği yüzünden, devlet ileri gelenlerinin önemli bir kısmını karşısına aldı.

Bu sırada tekrar Rumeli'ye geçen Çelebi Mehmed yine mağlup oldu. Rumeli beylerinin Musa Çelebi'den uzaklaşıp Sırplarla iş birliği yaptığını öğrenince, onlarla temasa geçti… Aslına bakılırsa Musa Çelebi'nin etrafında birkaç beyden başkası kalmamıştı.

Evrenos Gazi'nin desteğiyle tekrar Rumeli'ye geçen Çelebi Mehmed, üzerine gönderilen kuvvetleri yenerek Edirne'ye doğru yürüdü. Durumun vahametini gören Musa Çelebi ise Filibe civarına gitti. Sonunda iki kardeşin orduları Sofya'nın güneyinde Çamurlu Ova sahrasında karşılaştı. Musa Çelebi mağlup oldu ve yaralı olarak kaçtı. Ancak kısa bir süre sonra yakalandı ve 5 Temmuz 1413'te boğduruldu. Çelebi Mehmed ise Edirne'de kendisini hükümdar ilan etti.