Konfederasyon askerleri geri çekilirken mermisi biten askerler kaçmaya başlamıştı. Sonrasında Konfederasyon ordusunun komutanı mermisi biten askerlerine süngü takıp saldırmalarını emrettiyse de mermisi biten askerler kaçmaya devam etti.

Muharebenin sonunda ise Konfederasyon ordusu tamamen dağıldı. Kayıplar fazla değildi ve kazanan taraf Birlik ordusu olmuştu. Ancak Kernstown Muharebesi'ni Birlik tarafının kazanmasına rağmen muharebede Konfederasyon komutanı olan "taş duvar" lakaplı Jackson'un verdiği mücadele Birlik ordusunda bazı değişikliklere yol açtı. Bu değişiklik ise Jackson'un olduğu bölgeye daha fazla Birlik askeri kaydırılması olmuştu. Bu yüzden bu değişiklik ilerleyen zamanlar için Amerikan İç Savaşı'nda Birlik ordusunun yapısını olumsuz etkileyecekti.