Ertuğrul, 1889 yılının 14 Temmuz günü ayrılır İstanbul'dan. Hafız Ali Efendi, Piri Reis zamanından beri sürdürülen bir geleneğe uygun olarak, Kuran-ı Kerim'i bir muşambanın içine koymuş, kenarlarını diktikten sonra da birkaç kez balmumuna batırmış, iki rekat namaz kılmış ve Fatiha Suresi'ni okuyarak kutsal paketi geminin grandi direğinin tepesine çekmiştir.

Bayraklarla donatılmış geminin komutanı Albay Osman Bey ve kaptanı Süvari Ali Bey, kıyıda toplanan insanlar görülmez oluncaya kadar selamlar İstanbul'u. 30 Temmuz günü bir telgraf alınır Ertuğrul'dan. Süveyş kanalında dümen bodoslaması kırılan emektar gemi karaya oturmuştur. Yazışmalar sonrasında, 27 Temmuz'da Kanal'dan geçerken kuma oturan Ertuğrul'un ertesi gün kurtarıldığı ama kendisini kıyıya bağlayan kılavuzun hatası sonucunda sahile çarparak dümen bodoslamasının kırıldığı anlaşılır.

Olaylı geçen Süveyş kanalından sonra geminin 15 Kasım günü Singapur limanına ulaşması büyük bir başarı sayılmış olmalı ki, geminin komutanı Osman Bey, albay rütbesinden 'paşa'lığa terfi ettirilir. Kaptan Ali Bey ise, karısına gönderdiği mektupta limandaki diğer gemilerle karşılaştırır Ertuğrul'u:

"Buraların gemileri acayip, yani denizlerine göre yapılmış. Bizim geminin iki veya üç misli cesametinde... Bizim mahut ise ekmekçi sepeti gibi, her tarafı gıcırdıyor."

Japonya'ya ulaşmak için gerekli olan güney rüzgarının eseceği Haziran ayına kadar Singapur'da kalması kararlaştırılan Ertuğrul bakıma alınır. Hint Okyanusu'nun yıpratmış olduğu baş bodoslaması ve kırılan kemerleri gemideki marangoz, burgucu ve kalafatçı gibi emekçiler tarafından onarılır.