Fatih, tarih kitaplarında genellikle, üç defa tahta çıkmış gibi yer alır.  Bunlardan birincisi, 1444'te babasının tahtı bırakması üzerine, ikincisi Varna Sava şı'ndan sonra, üçüncüsü de babası öldüğü zaman olarak gösterilir. Halil İnalcık, ısrar la bu bilginin yanlışlığını vur gular. Yama Savaşı'nda II. Mu rad, tekrar tahta geçmemiştir. Sadece ordunun komutanlığını üstlenmiş, savaşın ardından da Manisa'ya gitmiştir. Varna Savaşı'ndan sonra İslam ülke lerine gönderilen fetihnameler II. Mehmed adına yazılmış, cevaplar da ona hitaben gelmiştir. Bunlar açıkça, II. Mu rad'ın Varna Savaşı sırasında tahta tekrar geçmediğini gös terir. Bu durumda II. Meh­med'in iki defa tahta geçtiği ortaya çıkmaktadır. II. Mu rad'ın, 3 Şubat 1451 'deki ölü mü üzerine, 18 Şubat'ta tahta geçen Fatih, üçüncü defa de ğil, ikinci kez hükümdar ol muştur. 

İstanbul'un ele geçirilmesinden sonra, iktidarını gölgeleyen Çandarlı Halil Paşa'yı ortadan kaldıran Fatih Sultan Mehmed, 1454'te, Sır bistan seferine çıktı. Ardından Karadeniz bölgesindeki Cene viz kolonileri ile Boğdan'ı ha raca bağladı. 1456'da babası II. Murad'ın alamadığı Belg rad'ı kuşattı, ancak kendisi de fethedemedi. 1458'de ise Veziri azam Mahmud Paşa, Sırbistan'ın ele geçirilememiş bölgelerini fethederken, Fatih Sultan Mehmed, Mora'da idi. 

Rumeli'de, 1459'da Se mendire fethedildi, 1460'ta ikinci defa Mora seferine çıkan Fatih Sultan Mehmed, burayı tamamen Osmanlı topraklarına kattı. 1462 yılında Eflak seferine çı karken, Veziriazam Mahmud Paşa da Midilli'yi fethediyor du. 1463'te Venedik'le savaş çıktı ve bu savaş 16 yıl sürdü. Mora'da bir taraftan Venedik'le savaşılırken, diğer taraftan da Bosna Osmanlı topraklarına katıldı.