CSS Virginia muharebe devam ettikçe hasarı da artıyordu. Virginia’nın bacası delik deşik olmuştu. Bu durum ise hızını düşürmüştü. Ayrıca Virginia’nın iki topu kullanılamaz haldeydi. Bununla birlikte Virginia’nın bazı zırh plakaları gevşemişti. Ayrıca CSS Virginia’nın kaptanı yaralanmıştı.

Ancak her şeye rağmen Konfederasyon gemileri CSS Virginia önderliğinde saldırılarına devam etmek için yöneldiklerinde havanın artık yavaş yavaş kararması ve görüş alanının kısıtlanmasıyla birlikte Konfederasyon gemileri de kendi kontrolündeki bölgeye geri çekildi. 8 Mart 1862 gününün sonunda Birlik tarafı amiral gemisi dahil olmak üzere iki gemi kaybetmişti ve üç Birlik gemisi de karaya oturmuştu. Bu durum birlik tarafında paniğe sebep olmuştu.