İstanbul'un alınmasından sonra yaşanan bir diğer büyük değişim ise nüfus yapısında olmuştur. İstanbul alınır alınmaz, gerek Anadolu'dan gerek Avrupa'dan bir sürü gönüllü veya zorunlu göç almıştır. Böylece İstanbul'un nüfus yapısı değiştirilmiştir. Zorunlu göçtür, genelde Avrupa'dan alınan esirlerli olmuştur ve bu esirler İstanbul'un çevresindeki tarım arazilerinde çalıştırılmıştır. Diğer türlü olan gönüllü gösterisi genellikle Anadolu içinde olmuştur ve Aydın kesimden olan insanların İstanbul'a göç etmesi sağlanmıştır.

Bu şekilde İstanbul'da hem başkenti yapılmış hem de nüfus yapısı değişmiştir. İstanbul'un Fethi'nin İstanbul'un kendisi için olduğu kadar Osmanlı Devleti için de sonuçları olmuştur. Bu sonuçlardan belki de en büyüğü Çandarlı Halil Paşa'nın görevinden alınması olmuştur ve sonrasında öldürülmesine kadar giden süreç olmuştur. Burada yaşanan olaylar İstanbul'un Fethi sırasında Çandarlı Halil Paşa'nın ordu içinde moral bozucu eylemlerde bulunduğu veya Bizans'tan pek çok yetkiliği sürekli olarak görüşüyor olduğu söylensinin olmasıydı. İlk zamanlarda Fethi'ten sonraki ilk zamanlarda bu tarz düşünceleri pek fazla bir kanat bulunamazken İstanbul Fethi dildikten sonra esir alınan bazı komutanların ve İstanbul Megadükü Lucas Notaras'ın anlattıklarında Çandarlı Halil Paşa'ya sürekli mektuplaşmaları söylediler. Bu da Çandarlı Halil Paşa üzerindeki şüpheleri iyice arttırdı.