Ancak Nisan 1941'de, Almanya'nın Balkanlar'a hızlı saldırısı -İtalyan saldırısından farklı bir biçimde- ayın sonuna varmadan Ege denizinde noktalanacaktı. Alman savaş makinaları, direnmeye çalışan Yugoslavya'yı hızla ezecek, Yunan Makedonyası'nı vaadederek, pasif müttefiki Bulgaristan'ı yanına çekip, Alman Orduları'nın Bulgar topraklarından geçişi sağlanacaktı. Almanlar, 6 Nisan'da Yunanistan'a girdiler, 9'unda Selanik'e ve 27 Nisan'da Atina'ya ulaştılar.

Partizan grupları EL/VS, EAM ve kralcı direniş örgütü EDES'in Alman konvoylarına saldırılarına Almanların verdiği cevap, civar köylerin yakılması oldu. Bu yolla, toplam 1.600 Yunan köyü yerle bir edildi. Öte yandan, diğer bir uygulama, öldürülen her bir Alman'a karşı, 50 Yunanlı'nın kurşuna dizilmesiydi.  'Büyük açlık' ise, direnişin örgütlenmesinden önce, 1940-1941'de, önce İtalyanlarla ve sonra Almanlarla yapılan savaşın tarımsal rekoltede meydana getirdiği düşüşle başladı. Ancak, asıl neden farklıdır: Almanlar, Yunanistan'a girdikleri andan itibaren işe yarar her şeyi topladılar. Başta koskocaman işgal ordusunun iaşesi gerekmekteydi ve bunu mağlupların mutfaklarından, depolarından karşılamanın bir sakıncası yoktu.

İşgalin ilk aylarında un, peynir, ekmek, et ve başka ne varsa, Alman birlikleri tarafından toplandı. Alman endüstrisinin hammadde ihtiyacının da mağlupların fabrikalarından, madenleri ve tarlalarından karşılanmasında bir an bile tereddüt gösterilmedi. Bu durumun bir sonucu olarak, neredeyse Yunanistan'daki tüm fabrikalar hammadde sıkıntısından kapandı ve ciddi bir işsizlik başladı. Ordunun ve devletin gıda stokları tükendi. Üstelik işgal altındaki Yunanistan'ın buğday ambarı olan Makedonya'da köylüler, 1942 sonbaharında devlet görevlilerine buğdaylarını vermemek için -bazen elde silah- direndiler.

Kimi zaman bu direnişe Yunanlı devlet görevlileri de katıldı. Temel dürtü, verilen veya toplanan buğdayın kentlerdeki yurttaşlara gideceğine, Almanya içlerine veya Kuzey Afrika'daki Alman birliklerine yollanma ihtimaliydi. Tüm bu koşullar bir araya gelerek, 1941-1942 kışında 'Büyük Açlık' günlerini doğurdu.

Kırsal bölgelerde insanlar şöyle ya da böyle, yiyecek bir şeyler bulabiliyorlardı. Ancak kentler ve özellikle nüfusun beşte birinin yaşadığı Atina ve Pire'de, durum gerçekten umutsuzdu. Açlık ve çetin kış koşulları tüberküloz ve benzeri hastalıkların da kentte hızla kök salmasına neden oldu. Sadece Atina'da günde 300 kişi öldü.