Selçuklu ordusu merkezde Gürcü komutanı ele geçirdikten sonra merkez kısmında zafer Selçuklu ordusunda görünmeye başladı. Merkezde Bizans ordusu komutanları yakalandıktan sonra dağıldı. Bu sayede Selçuklu ordusu Bizans kampına girip yağma yapmaya başladı. Kanatlarda çarpışan Bizans kuvvetlerinin ise bu durumdan hala haberi yoktu.

Merkezde kampa kadar ulaşan Selçuklu ordusu esirleri ve ganimetleriyle birlikte muharebe alanından uzaklaştı. Selçuklu merkez ordusunun geri çekilmesiyle birlikte kanatlarda Bizans ile çarpışan Selçuklu askerleri de geri çekildi. Kanatlarda bulunan Bizans askerleri zafer havasıyla kampa dönerken kamplarının yağmalanmış olduğunu fark ettiler. Bizans ordusu kanatlarda kazanmış ama merkezde kaybetmişti. Bu muharebenin kaybedeni ya da kazananı o kadar da net değildi. Gürcü komutanın esir alınması ve İbrahim Yınal’ın kaçmayı başarması yüzünden Orta Çağ’da pek çok kaynak Pasinler Muharebesi’nin Bizans ordusu için bir yenilgi olduğunu kayda geçti.