Fazıl Ahmed Paşa, Avusturya sınırını emniyet altına aldıktan sonra Girit sorununu halletmek için harekete geçer ve sefer hazırlıklarını yaptıktan sonra, 1666 yılı Kasım ayında Ada’ya çıkar. Ancak sadrazamın bütün çabasına rağmen Kandiye bir türlü düşmez. Ama Fazıl Ahmed paşa azimlidir: Üç yıl kaleyi hasara eder. Sonunda Fransa, Papalık ve Malta kuvvetleri mağlup olur ve ardından Venedikliler teslim olur. Barış görüşmeleri başlar; 27 Eylül’de ise Kandiye, Osmanlı’ya teslim edilir. Böylece 25 yıl sürüp giden savaşlar sona erer.

Fazıl Ahmed Paşa’nın ölümü (3 Kasım 1676) üzerine, yerine aynı aileden birisi daha atandı. Köprülü ailesi adeta bir ‘sadrazam hanedanı’ olmuştu. Köprülü Mehmed Paşa’nın damadı Merzifonlu Kara Mustafa Paşa sadarete getirildi. Kara Mustafa Paşa, Merzifon doğumlu bir asker çocuğuydu. Babasının IV. Murad’ın Revan seferinde şehit olmasından sonra Köprülü Mehmed Paşa onu himayesine almış ve oğullarıyla birlikte büyütmüş, daha sonra da kızıyla evlendirmişti.

Merzifonlu’nun döneminde Ruslarla savaşılarak Ukrayna da hakimiyet kurulmak istendiyse de başarılı olunamadı. Merzifonlu’yu tarihte unutulmaz kılan olay ise II. Viyana Seferi’dir. Bu seferde uğranılan bozgun sonrasında, Kara Mustafa Paşa idam edilmiş, Köprülü ailesinin diğer fertleri de devlet hizmetlerinden uzaklaştırılmışlardır. Viyana Bozgunu sonrasında 16 yıl süren savaşlar, iki Köprülü’nün devlet otoritesini yeniden kurarak ayağa kaldırdıkları Osmanlı İmparatorluğu’nu tekrar büyük bir buhrana sürüklemiştir.