Haçlı ordusunun tamamı Antakya’ya girdikten sonra şehir içinde korkunç katliamlar yapılmaya başlandı. Haçlı askerleri Ermeniler ile birlikte Türkleri ve Müslümanları katlettiler. Hatta işler o kadar çığırından çıktı ki hayatını kaybeden Hristiyanlar bile oldu.

Bu Hristiyanların sayısı ise az değildi. Antakya için 2 Haziran 1098 tarihinde başlayan düşüş 3 Haziran günün sabahı korkunç bir katliam reçetesi vermişti. O günün sabahında Antakya’da hayatta kalan tek bir Türk bile kalmamıştı. Hatta şehrin civarında bulunan köy ve kasabalardan bile insanlar kaçmıştı. Hatta şehirde yaşayan pek çok Hristiyan’ın bile evleri harap olmuştu. Tam bir yıkım ve katliamdı.