Antakya’nın alınması Papalık için de zor bir durum yaratmıştı. Papalık Beomondo’nun Antakya’yı kendisine istediğini biliyordu ama Antakya yapılan anlaşmaya göre Bizans’a bırakılmalıydı. Papalık Antakya’yı Ortodoksluk mezhebine bırakırken Antakya’nın kime kalacağı konusunda sessiz kalmıştı.

Haçlılar için en büyük sorunlardan birisi ise Antakya’nın ele geçirilmesinden sonra ordu için yiyecek stoklarının son derece düşük olmasıydı. Haçlı komutanları dışarıdan gıda gelmesi için yardım istemeyi düşünüyorlardı ama 5 Haziran 1098 günü yani Haçlılar Antakya’yı ele geçirdikten sadece birkaç gün sonra Gürboğa ordusu ile Antakya önlerinde belirdi. Yani Haçlılar için artık yardım isteyebilmek bir seçenek değildi. Artık kuşatılan taraf haçlılardı.