Selçuklu Devleti kendi içindeki tehlikeyi İbrahim Yınal’ın ölümüyle sonlandırabilmişti. Ancak Selçuklu Devleti için dışarıdaki tehlikeler son bulmamıştı. Gazneli hükümdarı Sultan Mevdud’un Selçuklu Devletine karşı Karahanlılar ile kurduğu ittifak hala varlığını sürdürüyordu. Bununla birlikte Bizans tehdidi Selçuklu Devleti için hala tazeydi.

Selçuklu Devleti için 1048 seferinden sonra yeni bir tehdit daha doğmuştu. O tehdidin adı mezhepsel farklılıklardı. 1048 seferinden sonra Tuğrul Bey İslam dünyasında son derece büyük bir şöhrete kavuşmuştu. Ancak o dönemde bölgede İslam halifeliğini temsil eden iki büyük mezhep vardı. Bu mezhepler Abbasi halifeliğinin temsil ettiği Sünni mezhebi ile Fatımi Devleti’nin temsil liderlik ettiği Şii mezhebiydi. Selçuklu Devleti’nin Sünni Abbasiler ile yakınlaşması ise Şii Fatımi Devleti ile yepyeni bir düşmanlığın temellerini atmış oldu. Selçuklu Devleti Mısır yönünde büyük bir düşman edinmiş oldu.