İstanbul tam olarak Osmanlı ordusunun eline ge­çince, artık 'Fatih' ünvanı­nı kazanmış olan II.Mehmed kente yeniçerileri ve vezirleri ile birlikte girdi. Kafile ken­tin sokaklarından geçerek Ayasofya 'ya geldi.

Burada atından inen genç hüküm­dar, yerden aldığı bir avuç toprağı kavuğunun üzerine serpti.  Bu hareketiyle, Allah'a sığındığını belirtiyordu.  Fatih, Ayasofya'ya girdi. Bir müddet sessizce bekle­di. Belki de zafer için şükrediyordu.  Bu sırada bir askerin kilisenin mermerlerini sök­meye çalıştığını gör­dü. Askere kızarak bunların ganimet olma­dığını söyledi. Kilisede korkuyla bekleşen Bizanslıların emniyet içerisin­de evlerine götürülmelerini söyledi. Daha sonra bu kilisenin camiye dönüştürülmesini em­retti. Ulemadan birisi ezan okudu. Fatih, namaz kıldık­tan sonra bu zaferi için dua edip Ayasofya'dan ayrıldı.

Fetih'ten sonra İstan­bul'dan kaçanlar Ege adalarına ulaştıklarında, İstanbul’un düştüğü haberi her tarafa yayıldı. Haber adalar­dan, Papa'ya ve Avrupa'nın çe­şitli makamlarına yazılan mektuplarla bildirilmişti. Hıristiyanlar, İstanbul'un Türklerin eline geçmesini, 'in­sanlık tarihindeki büyük fela­ketlerden biri' olarak algıladı­lar. Hammer'den Stefan Zwe­ig'a kadar birçok batılı tarihçi ve yazar, İstanbul’un fethinin son safhasını da hep şu şekilde anlattı: Surların arasında do­laşan birkaç Türk askeri, Edirnekapı ile Eğrikapı ara­sında bulunan ve “Kerkopor­ta” denilen yayalara ayrılmış küçük kapılardan birisinin ­-aklın alamayacağı bir unut­kanlık yüzünden- açık kaldı­ğını görürler. Diğer askerlere de haber verilir ve Türkler bu kapıdan girerek İstanbul'u fet­hederler...

Bu bilgi, sadece Dukas Ta­rihi'nde vardır ve dönemin di­ğer kaynaklarıyla uyuşmaz. Dönemin Türk kaynakları ile Barbaro ve Dolfin incelendiğinde, fethin son aşamasının hiç de bu şekilde olmadığı an­laşılmaktadır. Ancak bu söy­lence, batıda çok yaygındır. Fakat yerli ve yabancı tarihle­rin çoğuna göre, Türk askerle­ri bugünkü Topkapı'ya yakın bir yerden, savaşarak kente girmişlerdir.

Nitekim bu bölgenin ismi de, surlarındaki tahribat ne­deniyle, fetihten sonra 'Top Yıkığı Mahallesi' olarak anıl­mıştır. İstanbul’un fethi genç padişaha sonsuz bir kudret ve otorite sağladı. Fetih önce­si büyük kargaşalıklar içeri­sinde çalkalanan Osmanlı devleti bu fethin getirdiği prestijle, hem İslam dünyasının en parlak devleti haline geldi , hem de düşmanları üzerinde yılgınlık yarattı. Fatih, fetihten hemen sonra iktidarını sınırlayan Çandarlı'yı görevden aldı ve bir süre sonra öldürttü. Aynı şekilde hükümdarlığı üzerinde bir tehdit olarak gördüğü Orhan Çelebi'yi de muhtemelen, fetih sırasında ortadan kaldırtmıştı. 

Fatih'in veziriazamlarının sonuncusu hariç, hepsi kapıkulu kökenlidir. Bu durum hüküm- dara aristokrat Türk ailelerinin nüfuzundan kurtulmasını sağlamıştır. Ancak her şey devşirmelere bırakılmamış; dini, idari ve mali bürokrasi Türk kökenlilerden teşkil edilmiştir. Böylelikle, kapıkulları ile Türkler arasında bir denge kurularak, devlet yönetiminde tek söz sahibinin padişah olması sağlanmıştır. Halil İnalcık, Fetret Devri'nin gerçek bitişinin İstanbul'un fethiyle olduğunu söyler. Fetih sayesinde II. Mehmed’in kendisini “cihanşümul” bir imparatorluğun temsilcisi' olarak gördüğünü belirtir.

Bu durum, merkeziyetçi devletin kurulabilmesini ve devamlı fütuhatı sağladı. Fatih'in dünya egemenliği düşüncesinin temelleri, geniş bir yelpazeden oluşuyordu Türk-Moğol hükümdarlık geleneği, İslami hilafet telakkisi ve Roma imparatorluk fikri... Fatih fetihten sonra, Bizans imparatorlarıyla akraba olan tüm sülaleleri ortadan kaldırmak için faaliyete geçti. Halil İnalcık, Fatih'in şahsında Türk-İran-İslam ve Roma hükümdarlık geleneklerini birleştiren bir Osmanlı padişahı tipinin doğduğunu belirtir.