1798 yılının ağustos ayında İngiliz Amirali Nelson Napolyon ve ordusunu Mısır’a getiren gemileri İskenderiye limanında bulmuş ve yok etmişti. Bu durum Napolyon üzerinde çok sarsıcı bir etki yaratsa da Napolyon bu durumu askerlere belli etmemeye çalıştı. Napolyon’un emriyle Mısır’a Fransa ordusuyla gelen bilim ve sanat insanlarından oluşan heyet en sonunda çalışmalara başladı. 20 Ağustos 1798 tarihinde Kahire’de Mısır Enstitüsü kuruldu. Bu enstitünün amacı Mısır’ı Fransa kolonisi haline getirmek, bölgeyi medenileştirmek ve Eski Mısır medeniyeti hakkında araştırmalar yapmaktı. Bu enstitü yaptığı çalışmalar sonucunda pek çok bilgi elde etmişti. Ayrıca bu enstitünün çalışmaları sonucu Kahire’de pek çok altyapı çalışması da yapılmıştı.

Ancak Piramitler Muharebesi’nden kaçan Mısır ordusu Napolyon için tehdit olmaya devam ediyordu. Bu yüzden 25 Ağustos 1798 yılında Napolyon’un emriyle General Desaix Güney Mısır’a kaçan Murat Bey’i yakalamak ve Güney Mısır’ı kontrol altına almak için yola çıktı. Tüm bunlar olurken Osmanlı yönetimi Napolyon’un Mısır’ı istila etmesine hala gerekli tepkiyi göstermemişti. 3. Selim’e göre Fransızları Mısır’dan atabilmek Osmanlı Devleti’nin tek başına başarabileceği bir şey değildi. 3. Selim ilk olarak Mısır’da bulunan yerel yönetimlere Napolyon ile mücadele etmelerini Osmanlı donanmasının Akdeniz’e açılıp Fransızları denizden sıkıştıracağını söyledi. Eylül ayına kadar olaylar 3. Selim’in planladığı gibi gitmişti. Ancak İngilizlerin Napolyon’u Mısır’a getiren gemileri yok etmesinden cesaret alan 3. Selim daha ittifak kurmadan Fransa’ya 2 Eylül’de savaş ilan etti. Bununla birlikte Osmanlı topraklarında yaşayan bazı Fransızlar tutuklanarak hapsedildi bazılarının mallarına el konuldu. Napolyon Mısır’da kaldıkça Mısır halkı her şeye rağmen Fransızlara karşı antipati duymaya başladı. Bu antipatinin ana sebebi Mısır halkının Fransızların kendilerini sömürdüğünü düşünmeye başlamasıydı. 21 Ekim 1798 tarihinde Kahire’de çıkan bir isyan Fransızlar tarafından 2 gün içerisinde çok kanlı bir şekilde bastırılabilmişti. Rüzgar artık Napolyon’un arkasında değildi.

Osmanlı Devleti ne zaman Fransa’ya savaş ilan etti?