Osmanlılar, kendi idareleri altına giren Hıristiyan ve Yahudilerin, özel vergileri ödemeleri şartıyla, inançlarına karışmadılar. Kendi dini liderlerini seçmelerine kutsal ziyaretgâhlarını ziyaret etmelerine, ibadetlerini sürdürmelerine müsaade ettiler. Genellikle, bir bölge fethe dildiğinde o şehrin en büyük kilisesi camiye çevrilirken, diğer ibadet yerlerine dokunulmuyor; fakat yeni kilise inşasına da izin verilmiyordu.

Ancak bu durum mutlak bir yasak değildi; Balkanlarda birçok yeni kilise inşa edilmişti. Fetihten sonra inşa edilen kiliseler yıktırılırdı. Kiliselerin, camilerden daha yüksek yerlerde bulunmasına ve kiliselerin daha yüksek olmasına da izin verilmezdi. Kiliselerin tamirlerine de çok zor izin verilirdi. II, Mahmud döneminde Osmanlı’nın gücünü iyice yitirmesinden sonra, gayrimüslimlerin devletle bütünleşmesini sağlamak için, kiliselerini tamir, etmelerine izin verildi. Tanzimat ve Islahat fermanlarından sonra, gayrimüslimler kilise inşası ve tamirinde tam bir hürriyete kavuştular.

Osmanlı yönetimi altındaki gayrimüslimler, Müslümanlardan farklı olarak, “cizye’’ adı altında bir vergi verirlerdi. Osmanlı İmparatorluğunda başka dinlerden olan kişilere baskı yapan ve ibadet yerlerine zarar veren Müslümanlar cezalandırılırdı. 18, Yüzyıl'ın ikinci yarısın da, Kırım'da Hazreti İsa'nın tasvirini yırtan birkaç Nogay, Kırım Hanı Kırım Gi ray tarafından kilisenin önünde yüzer so pa vurdurularak cezalandırılmıştı.