III. Murad döneminde gayrimüslimlere uygulanan kıyafet yasaklarının denetimi de sıkılaştırıldı. Daha önceki padişahlar döneminde gayrimüslimlerin giyim kuşamlarını muhtesip kontrol ederken, III. Murad döneminden itibaren, kıyafet kontrolünü yeni çeri ağası yaptı. 

III. Murad döneminden itibaren, Müslümanların ayrı, Hıristiyanların ayrı, Yahudilerin ayrı kıyafetleri olmuştur. Bunun haricinde, Müslümanlar ve gayrimüslimler, oturdukları evin tarzından bindikleri, hayvanın cinsine kadar, kesin ayrımlara tâbiydiler.

Gayrimüslimlerin, cami ve türbelerin etrafında oturmaları yasaktı. Yine kiliselerde çan çalınması, paskalya gibi dini günlerde silah ve havai fişek atılması yasaktı. 1856'dan sonra bu kısıtlamaların çoğu ortadan kalktı.