Viyana Bozgunu, Köprülü ailesinin itibarına büyük bir darbe vurmuştu. Ancak II. Süleyman, Avusturya karşısında malubiyetlerin artması üzerine, 25 Ekim 1689’da Köprülü Mehmed Paşa’nın küçük oğlu Fazıl Mustafa Paşa’yı sadrazamlığa getirdi.

Yeni sadrazam orduyu düzenleyerek görev yapmayan 30 bin yeniçeriyi askerlikten çıkardı. Devletin ve ordunun üst kademelerine, güvenilir ve dürüst kişileri getirdi. Bakırköy yakınlarında Baruthane-i Amire’yi kurdu. Ayrıca eyaletlerde oluşturduğu atölyelerde de barut üretilerek ordunun ihtiyacının karşılanmasını öngördü. Bütçeyi denkleştirmeye çalıştı. Paranın ayarını gerçek değerine getirdi. Fiyat denetimi yaparak mal değerlerindeki aşırı artışı önlemeye çalıştı. Ancak Osmanlı topraklarının önemli bir kısmının işgal altında olması nedeniyle kıtlık ve fiyat artışını ortadan kaldıramadı. Bu arada, savaş zengini kimi tüccarlar idam edilerek mallarına el konuldu.       

Bu iç düzenlemelerin ardından, Avusturya’ya karşı harekete geçildi. Niş, Semendire ve Belgrad geri alındı. Avusturya’ya yardım eden Sırplar, Katolik baskısı nedeniyle, yaptıklarından pişman olmuşlardı. Sadrazam Fazıl Mustafa Paşa, onları cezalandırmadı; bağlılıklarını kazanmak için çaba gösterdi.

Belgrad’ın alınmasıyla Tuna savunma hattı yeniden kurulmuştu. Sadrazam, İkinci Avusturya Seferi’nde, Salankamen’de ordusuyla pusuya düştü ve burada 20 Ağustos 1691’de yapılan savaşta alnından vurularak şehit oldu. Onun ölümüyle, devletin yeniden toparlanma olanağı da bir kez daha ortadan kalktı. Osmanlı’nın karşı saldırısı durdu. Yapılan reformlar da aksadı.

Köprülü Mehmed Paşa’nın küçük kardeşi Hasan Ağa’nın oğlu olan Amcazade Hüseyin Paşa, Fazıl Ahmed Paşa’nın sadrazamlığı sırasında “ Amcazade” adıyla şöhret bulmuştu. Viyana Bozgunu sonrasında bir ara hapsedildiyse de sonra çeşitli valiliklerde bulunup 1697’de Osmanlı ordusunun Zenta’da yok edilmesinin ardından, 13 Eylül 1697de sadrazamlığa getirildi. 4 Eylül 1702’de padişahın hocası ve dönemin şeyhülislamı Feyzullah Efendi ile olan anlaşmazlığı yüzünden, istifa ile son bulan 5 yıllık sadaretinde önemli işler yaptı. Viyana Bozgunu’ndan sonra 16 yıl süren savaşlar Karlofça Antlaşması ile noktalandığında, devletin toparlanması için çalışmalara başladı. Kudüs ve Basra taraflarında devlet otoritesini yeniden kurdu. Kaptan-ı derya Mezomorta Hüseyin Paşa’nın yardımlarıyla donanmayı yeniden düzenledi.