Sultan İbrahim tahttan indirildikten sonra yanına iki cariye verildi ve hapsedildiği odanın kapısına kurşun dökülerek dış dünya ile irtibatı sadece yemek verilerek bir pencere ile sınırlandırıldı. Tahttan indirilen padişah, kapatıldığı yerde on gün kalabildi. Feryatları bütün Saray halkını etkiliyordu. Onu yeniden tahta çıkartmak isteyenlerin sayısı artınca, Kösem Sultan ve devletin ileri gelenleri, “ Sultan İbrahim sağ oldukça nizam-ı alem olmaz” neticesine vardılar. Şeyhülislam Abdurrahim Efendi’den ölümü için fetva alındı. Sadrazam ve devletin ileri gelenleri, onu öldürmek için hapsedildiği odaya gittiler.

Dönemin ünlü celladı Kara Ali dahi kaçmıştı. Ancak idam geciktiği taktirde, bir sorun çıkmasından korkan Sadrazam Sofu Mehmed Paşa, celladı buldurdu ve döverek zorla padişahı boğdurttu. 18 Ağustos’ta öldürülen padişah, Ayasofya’da  amcası I. Murad’ın yanına defnedildi. Bu iki padişahta, akli dengesizliklerinden dolayı ,diğer padişahların türbelerine gömülmedikleri gibi, yanlarına başka bir padişah da gömülmemiştir.

Daha önceleri , IV. Murad’ın  danışmanı olan ve onun yaptığı düzenlemelerde büyük payı bulunan Koçi Bey, Sultan İbrahim döneminde de padişah danışmanlığına devam etmişti. Koçi Bey  IV. Murad’a yazdığı risalede, devlet düzenindeki aksaklıkları ve düzeltme yollarını anlatmıştı. Ancak onun Sultan İbrahim’e sunduğu risale, öncekinden tamamen farklıydı.

Yeni padişahın iyi yetişmemiş ve cahil olması nedeniyle, Koçi Bey risalesinde Sultan İbrahim’e devlet işlerinin nasıl yapılacağını anlatıyordu. Hatta risalede padişahın kendisine verilen hangi yazıya nasıl cevap vereceği de Sultan İbrahim’ e tek tek anlatılıyordu.

Padişahın çeşitli sorunlar hakkında kendi el yazısıyla düşüncesini açıkladığı yazıların  (Hatt-ı Hümayun ) incelenmesi onun Koçi Bey’in önerdiği şekilde hareket ettiğini ortaya çıkarmıştır. Padişahın farklı konulardaki kimi düşünceleri o kadar tutarlıdır ki, bunları inceleyen uzmanlar Sultan İbrahim’in, bırakın deli olmayı, isabetli kararlar verebilen bir yönetici olduğunu belirttiler.