Sultan İbrahim babası öldüğünde henüz 3 yaşındaydı. Çocukluğundan itibaren sıkıntılı günler geçirdi. Çocukluğunda 1. Mustafa’nın deliliklerini, ağabeyi II. Osman’nın öldürülüşünü gördü. Diğer ağabeyi IV. Murad’ın, tahtta durumunu sağlamlaştırdıktan sonra kardeşlerini (Şehzade Beyazid, Süleyman ve Kasım ) sırasıyla boğdurtması, İbrahim’in psikolojisini iyice bozdu. 1637’den sonraki üç yılda ölümü bekledi durdu.

Fransız elçisi Du Loir, 8 Şubat 1640 gecesi, 28 yaşındayken kardeşi Şehzade Kasım’ı boğdurttuğu odada hayata gözlerini kapayan IV. Murad’ın, ölmeden önce, Hanedan’ın hayatta kalan tek üyesi kardeşi Şehzade İbrahim’i öldürterek, yerine yakın çevresinden Mustafa Paşa’yı getirmek istediğini, ancak saray halkının bunu engellediğini söyler.

Ölüm korkusuyla yaşayan Şehzade İbrahim’e, devrin sadrazamı Kemankeş Kara Mustafa Paşa bir adamıyla, IV: Murad’ın öldüğü haberini gönderir. Ancak bir komplo ile karşı karşıya olduğunu düşünen Şehzade odasından dışarı çıkmadığı gibi, kapısını da kilitler. Kösem Sultan, oğlunu zorla odasından çıkartarak, ağabeyi Murad’ın cesedini göstermek suretiyle, onu padişah olduğuna inandırır.

Sultan İbrahim tahta çıktığı zaman Hanedan’ın hayatta bulunan tek erkek üyesiydi.Cülusundan ilk oğlunun doğmasına kadar yaklaşık iki yıllık bir süre geçti.Hanedan’ın sona erme tehlikesi ortaya çıktığı için, bu iki yıl kamuoyunun endişeli bekleyişiyle geçti. Padişahın bir oğlu olması için yapılmadık şey kalmadı. Hocalar, üfürükçüler saraydan çıkmıyordu. Sonunda, 1642 yılının başlarında, daha sonra “Avcı Mehmed” diye anılacak Şehzade Mehmed’in doğması üzerine, herkes rahat bir nefes aldı.

Bu doğumun ardından, Hanedan’ın erkek üye sayısı hızla arttı: Ardı ardına Süleyman, Ahmed, Orhan, Cihangir, Selim ve Murad isimli şehzadeler doğdu. Cinci Hoca lakaplı Hüseyin Efendi, padişahın çocuğu olunca, devlet içinde en etkili kişi oluverdi. Cinci Hoca yıllarca devlet kadorlarına yapılan tayinlerde etkili oldu, rüşvet topladı.