Pisa Kulesi’nin inşaatı sırasında ortaya çıkan sürpriz gelişme ise kulenin inşaatında üçüncü kata gelindiğinde eğilmeye başlamasıydı. Pisa Kulesi üzerine oturtulan yumuşak zeminde sadece 3 metre kadar bir temelin üzerinde duruyordu. Kulenin eğilmesiyle inşaat durdu.

İnşaatın durması ise son derece uzun zaman aldı. Çünkü Pisa sürekli olarak diğer devletlerle savaştaydı. Kulenin altındaki yumuşak toprağa oturması için yeterince zaman tanınmak isteniyordu. Ancak Pisa’nın girdiği savaşlar da işin içine eklenince ortaya çıkan tabloda kulenin yeniden inşa edilmeye başlaması 1233 yılını buldu. 1173 yılında başlayan inşaat 1178 yılında durdu ve 1233 yılında inşaata devam edilebildi.