İlk balık çiftliği, günümüzden 5 bin yıl önce Çin'de kuruldu. Nehirlerde yakalanan sazan ve kefal balıkları, yapay havuzlara canlı olarak getirildi ve buralarda çoğaltıldı.

Avrupa'da balık çiftlikleri, ilk kez Romalılar tarafından kuruldu. Orta Çağ’a gelinceye değin, Avrupa'da bu çiftlikler çok yaygınlaşmamıştı. Orta Çağ’la birlikte özellikle büyük manastırların yörelerinde besin gereksinimini karşılamak için balık üretimi başlatıldı.

Ancak, 19. yüzyıldan itibaren Avrupa'da yeni açılan yollar aracılığıyla deniz kıyılarına ulaşım kolaylaştı ve insanlar balık gereksinimlerini denizden karşılamaya başladılar. Bunun üzerine balık çiftliklerine duyulan ilgi, yeniden azaldı.

1960'lı ve 1970'li yıllarda denizlerdeki balık yataklarında görülen azalma, taze balık fiyatlarının hızla artmasına yol açtı. Böylece, Avrupa ve Amerika'da balık çiftlikleri yeniden gündeme geldi. Bugün, Batı Avrupa'da ve İngiltere'deki balık çiftliklerinde yılda 100 bin ton balık üretilir. Bu rakam, tüketimin yalnızca yüzde birini karşılar.