Çanakkale Boğazı'nın istihkamları İngiliz donanmasının geçişini engelleyecek sağlamlıkta değildi. İngiliz tehdidi üzerine burada güçlendirme çalışmaları başlatıldı. Fransızlar, Settülbahir ve Kilitbahir'deki 16. yüzyıldan kalma iki kalenin yenilenmesine yardım ettiler. Hepsi yelkenli gemilerden oluşan İngiliz donanmasına hava şartları karşısında zaman kazandırmak isteyen İngiliz elçisi, Bozcaada'dan İstanbul'a gönderdiği bir notada, "Henüz Osmanlı ülkesinden çıkmamış olduğunu, görüşmelere devam edilmesi gerektiğim" belirtmişti.

19 Şubat 1807 günü sabah erken saatlerde, şiddetli bir lodos rüzgarını arkasına alan İngiliz donanması harekete geçti. Bu sırada Çanakkale Boğazı'ndaki kaleleri tahkim etme çalışmaları henüz tam anlamıyla bitirilememişti; bu yüzden kıyıdan yapılan top atışları fazla etkili olmadı. Nağra Burnu'nun üst tarafında bulunan küçük bir Osmanlı filosu, İngiliz donanmasına karşı koymak istediyse de büyük savaş gemileri bu filoyu kısa sürede etkisiz hale getirdiler. Bunun dışında bir direnmeyle karşılaşmayan İngiliz donanması Boğaz'ı aştı ve 20-21 Şubat gecesi İstanbul'a ulaşarak Adalar önünde demir attı.

İngiliz donanmasının en güçlü gemileri Amiral Duckworth'un bayrak gemisi olan HMS Royal George, 110 toplu HMS Windsor Castle, 80 toplu HMS Canopus, 74 toplu HMS Standart, 74 toplu HMS Ajax ve 44 toplu HMS Endymion'du. Başkent İstanbul, Osmanlı tarihinde ilk kez böylesine bir tehditle karşı karşıya idi. Bu nedenle halk bir anda dehşete düştü.

İnsanlar gruplar halinde toplanıp telaş ve korku içinde tartışıyorlar; kıyamet günün geldiği söylentileri ağızdan ağıza yayılıyordu. Benzer bir korku Saray'a da yansımış ve kadınlar feryat etmeye başlamışlardı. Başlangıçta endişeye kapılan III. Selim ise halkın kendi başına silahlanma çabalarını gözleyince, hızla Boğaz kıyılarının tahkim edilmesi işine girişti.