Bu suretle kazanılan süreden faydalanılarak, sahildeki tabyalar bitirildi. Buralara iki bini aşkın top yerleştirildi. Öte yandan Cezayirli Şeydi Ali Bey'in kumandasında güçlü bir de donanma hazırlandı. Bu donanmaya asker yazılması için Padişah Yeniçeri ağasına emir verince, şevkleri iyice artan halktan yedi bin kişi bir gecede donanmaya yazıldı. Ayrıca İstanbul'un tehlikede olduğu her tarafa duyurulduğundan, civar illerden gelen binlerce gönüllü de tabyalara asker olarak yerleştirildi.

Cesareti iyice artan halkın kayıklara binerek İngiliz gemilerine kadar sokuldukları ve hatta gemiler arasında gidip gelen İngiliz askerlerim esir aldıkları oluyordu. Bazıları da Adalar'dan birine çıkıyor ve İngilizlerin buralardan su almalarını engelliyorlardı. Bu arada bir miktar askerle su almak için Kınalıada'ya çıkan Amiral John Duckworth'un oğlu da esir edildi. Böylece on gün geçti ve İngilizler artık taarruz gücünü ve bu yolda gerekli cesareti kaybetmişlerdi.

Bununla beraber, şartlarını tekrarladılar. Babıali bu şartlan kesin olarak reddetti. Red cevabını alan İngilizler, kenti bombalamaya cesaret edemediler. Böyle bir harekete giriştikleri takdirde, sahil bataryaları ve Osmanlı donanmasının top atışları arasında kalacaklarını anlamışlardı. Aslında o andan itibaren İstanbul önlerinde geçirecekleri her saat kendileri için önemli bir tehlike unsuru haline gelmişti. Her an ters bir rüzgarla kıyıya doğru sürüklenebilir ve karadan yapılacak top atışlarıyla yok olabilirlerdi. Ayrıca Çanakkale Boğazı da bu arada güçlendirilmişti. Kaybedilen zaman, oradan geçmeyi de zorlaştıracaktı.

Bütün bunları hesaba katan Amiral Duckworth, geri dönmeye karar verdi. İngiliz donanması gelişinden on gün sonra, 1 Mart 1807'de, hiçbir netice alamadan İstanbul önlerinden ayrıldı. Bu durumu İstanbullular sevinç gösterileri ile karşıladılar. Donanma Çanakkale'den geçerken bu defa geldiği gibi rahat olamadı. Tahkim edilmiş sahillerden atılan top atışları neticesi İngiliz donanmasından HMS Ajax ile iki korvet gemisi battı. HMS Windsor Castle gemisinin seren direği parçalandı. HMS Standart gemisinin cephaneliği isabet aldı. İngilizler 37 ölü ve 400'den fazla yaralı verdiler. Amiral gemisi HMS Royal George da önemli oranda yara almıştı. Böylece dönemin yenilmez armadası olarak bilinen İngiliz donanmasının İstanbul macerası başarısızlıkla ve bir çok kayıp vermek suretiyle sona ermiş oluyordu.

İstanbul önlerine gelen donanmalarının başarısızlığı üzerine İngilizler bu kez Mısır'a saldırdılar. İskenderiye'ye gelen Amiral Lewis kumandasındaki İngiliz donanması, Mart 1807'de İskenderiye'yi işgal etti. Ancak Mısır Valisi Kavalalı Mehmet Ali Paşa, ordusuyla İskenderiye önlerine geldi. Uzun süren çatışmaların ardından İngilizler yenildi. İngilizlerin Osmanlı topraklarındaki bu başarısızlıkları üzerine III.Selim askeri hazırlığa girişti. Sadrazam İbrahim Hilmi Paşa, 'Serdar-ı Ekrem' sıfatıyla ordunun başına geçerek Rusya'ya karşı saldırıya geçti. Tuna boylarında önemli zaferler kazanıldı. Bu arada Osmanlı donanması da 10 Mayıs 1807'de Haliç'ten çıkarak Rus donanmasının peşine düştü. Ancak bu karar yanlıştı; III. Selim çok kritik bir yönetim hatası yapmıştı: İstanbul'da sadece Sekban-ı Cedid askerleri kalmıştı ve Anadolu'daki kalelerden getirilen yamaklar da eğitimsizdi. Yeniden harekete geçen muhalifler, III. Selim aleyhine propogandaya başladılar. Özellikle Nizam-ı Cedid askerlerinin hedef alındığı hareketlenmeler, yobazların 'din elden gidiyor' yaygarasıyla 25 Mayıs 1807'de, Kabakçı Mustafa Ayaklanması'nı doğurdu. Sekban-ı Cedid askerlerinin çoğu öldürüldü. Divan dağıtıldı; III. Selim tahtı IV. Mustafa'ya bırakarak çekildi. Nizam-ı Cedid ordusuyla birlikte, Osmanlı askeri yapısını yenileme hareketi de II. Mahmud dönemine kadar ertelenmiş oldu.