31 Mart'ta, ıssız kıyıda buldukları bir körfeze sığınır­lar. Buraya San Julian adını verir Macellan.  Subaylarına ve adamlarına kışı burada ge­çireceklerini ve bu zaman zar­fında mevcut yiyecekleri ida­reli kullanmak için tayın mik­tarının azaltılacağını açıklar. İtiraz sesleri yükselir, 1520 Paskalya Pazartesisi, Mesquita dışındaki kaptanlar isyan çıkarır. İsyan bastırılır, Victo­ria'nın kaptanı boğazlanır, Conception'un kaptanı ölüme mahkum edilir ve kafası kesilir. San Anronio'nun eski kap­tanı Cartega da isyancı bir pa­pazla birlikte ıssız sahile terk edilir.

Burada kaldıkları süre bo­yunca Macellan mürettebatı boş bırakmaz, gemiler tepe­den tırnağa elden geçirilir. Buranın yerlisi dev gibi iri in­sanlarla karşılaşırlar, büyük ayakları (patagao) nedeniyle onların yaşadığı bu diyara Patagonya derler. Patagonya kıyılarında keş­fe çıkan Santiago'nun batma­sından sonra Ağustos sonuna doğru yola koyulan filo, Puer­to Santa Cruz'da da iki ay ge­çirir. 18 Ekim'de yeniden de­mir alınır.

Üç gün sonra beyaz kaya­lardan oluşan bir burun görü­nür. Macellan'ın azizelerin anısına Virgenes Burnu adını verdiği bu çıkıntının ardında, kapkara suların aktığı, iki ya­nında dorukları karla kaplı yalçın tepeler bulunan derin bir körfez onları beklemekte­dir. Conception ile San Anto­nio keşfe gönderilir, haber iyi­dir, kanal batıya doğru devam etmektedir. Yine de huzursuz­luk sürer, San Antonio'nun kılavuzu yeni bir isyan başla­tır, kaptanı zincire vurarak gemiyi ele geçirdikten sonra gerisin geri İspanya'ya dön­meye karar verir. Bu, Macel­lan için ağır bir darbedir; ama hiç tereddüt etmez, geri kalan üç gemiyle boğazda ilerler.