Para meselesi de çözüldükten sonra, geriye tek bir iş kalmıştı, kanal kazısına başlamak. Osmanlı Padişahı, Said Paşa ile de Lesseps arasında imzalanan antlaşmayı henüz onaylamamıştı. Ancak, de Lesseps'in artık sabrı kalmamıştı. Mısır Valisi'nin sağladığı fellahlar ve Avrupa'dan getirilen makinelerle, 25 Nisan 1859'da hafriyata başlandı. Durumun ciddiyetini gören İngiltere Kraliçesi Viktorya telaşlanarak III. Napolyon'a haber gönderdi ve bu işi desteklemekten vazgeçmesini, şirketi batmaya terk etmesini istedi.

İngiliz Başbakanı Palmerstone ise İstanbul'daki sefirine talimat vererek Osmanlı hükümetinin kendisine bağlı Mısır topraklarındaki bu inşaatı durdurtması gerektiğini bildirdi. Öte yandan, İskenderiye açıklarına demirleyen yedi İngiliz savaş gemisi de, Said Paşa'ya açık bir gözdağıydı.

Kanal Projesi önündeki engeller tükenmek bilmiyordu. 1863 yılı başında, de Lesseps'in dostu ve hâmisi Said Paşa ölmüş, yerine yeğeni İsmail Paşa geçmişti. Yeni vali, kanal işine amcası kadar sıcak bakmıyordu ve İngiltere'ye yakınlığı bilinen Dışişleri Bakanı Nubar Paşa ile beraber Kanal Şirketi'nin bazı imtiyazlarına karşı çıkmaktaydı.