Babür, Horasan’a ulaşabilmek için çıktığı yolda birçok kurganı zapt etmiş, buralarda ordusunu genişletebilme umuduyla çalışmalar yapmıştır. Bu sırada dönemin iki büyük komutanı Şeybani ve Hüsrev Şah savaşa tutuşmuşlar, Şeybani Hüsrev Şah’ın ordusunu zorlanmadan dağıtmıştır. Bu durum Babür’ün zorlu düşmanı Şeybani açısından zafer olup, Babür’e zarar veriyormuş gibi algılansa da aslında netice farklı olmuştur. Hüsrev Şah’ın yenilmesiyle dağılan askerlerinin bir kısmı Şeybani’nin, bir kısmı ise Babür’ün ordusuna katılmıştır. Babür, böylelikle zorlanmadan kalabalık ve savaşçı özellikleri olan bir orduya sahip olmuştur. Babür ve ordusu, çağın en önemli ticaret merkezlerinden olan Kabil’i fethetmek amacıyla sefere başlamış, Hindukuş dağlarını aşarak taarruza geçmiştir. Kabil’in başında bulunan Mukim Bey Argun, Babür’ün güçlü ordusu karşısında tutunamayacağını anladığından, sağ salim şehri terk edebilmesi karşılığında burayı Babür’e teslim etme kararı almıştır. Böylelikle Kabil ve Gazne gibi stratejik önemi büyük şehirler 1504 yılında müyesser şekilde fethedilmiştir. Kabil ve Gazne şehirlerinin kontrolünün sağlanması, gerek ticaret yollarının üzerinde olmaları açısından, gerekse zorlu iklimsel koşullar düşünüldüğünde yaşam için en uygun yerlerden olmaları dolayısıyla Babür için benzersiz bir başarı timsali olmuştur. Kabil aynı zamanda Babür için güvenlikli de bir vilayettir.

Coğrafi konumu dolayısıyla, düşman akınlarının savunulması bakımından kıymetli olan bu bölgeyi Babür, bulunduğu bölgelerden en iyisi olarak kabul etmiş, Hindistan’ı fethetme yolunda benzersiz bir üs olarak görmüştür. 1506 yılında Timur soyundan olan Hüseyin Baykara’nın Şeybani’ye karşı savaşında yardım dilemesi üzerine Kabil’den çıkmış, ancak sefer esnasında Hüseyin Baykara’nın ölüm haberini alır almaz kargaşa içinde başarı elde edilemeyeceğini anladığından geri dönmüştür.

Şeybani, 1507 yılında Babür’ün kontrolüne girmiş olan Kandahar’ı fethettiği sırada, Babür, ordusundaki Moğolların isyanlarından dolayı yara almış askeri gücünü de hesaplayarak, Şeybani’ye karşı koyamayacağını hissetmiş ve Kabil’i terk edip Hindistan Lemgan’a yönelmiştir. Babür’ün bu kararı, askeri zekâsına dair önemli ipuçları içerir. Hâkimiyeti boyunca Babür, başarısızlıkla sonuçlanabileceğini ön gördüğü savaşlardan kaçınmaya gayret etmiştir. Bu özelliği her defasında hayatta kalmasını sağlamış, ona bir zamanlar perişan halde kaçmak zorunda kaldığı bölgelere daha güçlü ve organize bir orduyla yeniden dönerek kalıcı yönetimler kurma fırsatı tanımıştır. “Bir ben Kâbil’de kalmıştım. Düşman fevkalâde kuvvetli; biz ise, çok zayıftık. Ne sulh yapmak ihtimâli ve ne de mukavemet etmek imkânı vardı. Böyle bir kuvvet ve kudret karşısında, biz kendimize bir yer edinmeği düşünmeliyiz…”.

Bir süre sonra Şeybani’nin, Kandahar’ı tam anlamıyla ele geçirmeden geri döndüğünü haber alan Babür, Kabil’e geri dönmüştür. Aynı yıl büyük oğlu Hümayun doğmuştur. Kabil’e dönüşü, Timur soyundan gelen Babür için bir yeniliği de doğuracaktır; Babür kendisine Mirza yerine Padişah denmesini emrederek, Timur soyundan gelen yöneticilere yapılan hitapta köklü bir değişiklik gerçekleştirmiştir.