Ertuğrul İstanbul’dan hareketinden sonra önceleri Kınalıada’ya doğru bir rotada seyretti. Selimiye Kışlası’nın iki kulesiyle Çamlıca Tepesi transitte görüldüğü zaman, geminin rotası genel batı rotası veya aksi olurdu. Bu istikamet gemileri Yeşilköy açıklarındaki sığlıklardan uzak geçirdiği gibi, Çanakkale’ye ulaşan en kısa yol da olurdu. Padişah III. Selim yeni kurduğu Nizamı Cedid ordusu için Selimiye Kışlası’nı yaptırırken, kulelerinin Türk gemicilerine rehber olması da düşünülmüş, kışla planları bu maksadı temin edecek şekilde yapılmıştı. Gemi genel batı rotasına dönüp Yeşilköy açıklarından geçerken mürettebat seyir nöbet yerlerini tamamen almıştı. Gemi Süvarisi Yarbay Ali Bey ve muavini Yarbay Cemil Bey bütün seyir müddetince dönüşümlü olarak gemiyi sevk ve idare edeceklerdi. Komutan Albay Osman Bey, görevinin özelliği dolayısıyla nöbetten muaftı ve her an seyre müdahale hakkına sahipti.

Güverte ve makine geriye kalan bütün personel dört eşit vardiyaya ayrılmıştı. Bunlar birinci, ikinci, üçüncü ve dördüncü vardiyalar olarak isim almışlardı. Her vardiyadaki subayların, erlerin ve zanaatkârların isimlerini gösteren listeler, bugünün tabiriyle “role çizelgeleri” nöbet kamarasına ve seyir köprü üstüne asılmıştı. Birinci ve üçüncü vardiyalara “sancak vardiya” ikinci ve dördüncü vardiyalara da “iskele vardiya” deniliyordu. Sancak vardiyalarıyla Süvari Yarbay Ali Bey, iskele vardiyalarıyla da Süvari Muavini Yarbay Cemil Bey nöbet tutacaklardı. Her vardiya, nöbeti esnasındaki olaylardan sorumluydu. Fakat bu konu seyir subayı Sol Kolağası Tahsin Efendi Kaptan için geçerli değildi. Seyir subayı bir limandan hareketten diğer bir limana varıncaya kadar geminin emniyet ve selametle seyrinden sorumluydu. Bu yüzden istirahat zamanlarını kendi arzu ettiği şekilde tanzim ederdi. Yardımcılarına bıraktığı talimata göre; her deniz feneri görüldüğü zaman veya boğazlardan geçerken veya rota değişimlerinde veya siste, fırtınada, sabah ve akşam alacakaranlıklarında yani güneşin doğuş ve batış zamanlarında veya barometre basınçlarında önemli değişikliklerin olduğu hallerde kendisine haber verilirdi. Bu gibi hallerde seyir subayı görevi başında bulunur, yapılan seyir hesaplarını inceler, gereken düzeltmeleri yaptırırdı. Kendisine yardımcı olarak da beş teğmen seçmişti. Bunların dördü vardiyalara taksim olunmuş, biri de kronometre görevlisi olarak ayrılmıştı.

İmam, fotoğrafçı, doktor ve kâtipler vardiya nöbetine tabi değillerdi. Bunlar görevlerinin gerektirdiği zamanlarda çalışıyorlardı. Fırkateyn bir limana vardığı zaman, vardiyalardan birisi gemide nöbetçi olarak kalır, diğeri şehri gezmeye çıkardı. Gemi herhangi bir limanda 24 saatten az kalacak olursa nöbetçi vardiya şehri görmekten mahrum kalırdı. Halbuki imam, doktor, kâtip vb... gibi mürettebat vardiya taksimatına dahil olmadıklarından her limanda dışarı çıkabilirlerdi. Mesleklerinin özelliği gereği bunlar nöbet de tutmuyorlardı. Bu yüzden onlara “Has Vardiya” ismi verilmişti. Ama haksızlık da yapılmamıştı. Zira Has Vardiya mensuplarının işleri hiç de diğerlerinden daha az değildi, hatta bazılarınınki daha da zor ve zahmetliydi. İmam Hafız Ali Efendi her gün sabah namazından bir saat evvel kalkar, abdest alır, imamet için hazırlıklarını yapardı. Personel arasından seçtiği güzel sesli bir eri, pruva çanaklığına çıkartarak günün ilk ışıklarıyla beraber hazin bir sesle sabah ezanı okuttururdu. Sabah namazına iştirak edenler hava müsait ise güvertede, değilse top ambarında toplanırlardı. Bundan sonra da Hafız Ali Efendi köprü üstüne çıkarak seyir subayından veya yardımcısından “Kıble” istikametini öğrenirdi. Yaklaşık yirmi dakika sürecek olan namaz süresince seyredilen rotanın aynı kalmasını da ayrıca rica ederdi. Kıble yönünün tayini gerçekten önemli bir konuydu. Zira Marmara ve Akdeniz’de Kıble takriben güneydoğu yönündeydi. Ama Cidde’ye varıldığında; tam doğu istikametinde, Aden’e varıldığında kuzey istikametinde, Çin Denizine varıldığında da batı istikametinde kalacaktı. İşte bu ince Kıble hesapları, seyir subayı tarafından küresel üçgenlerin çözümü yöntemiyle yardımcılarına yaptırılıyordu.

Ertuğrul’un seyrettiği rotaya göre, Kıblenin yönü bazen geminin pruvası, bazen dümen suyu, bazen de sancak veya iskele taraflarından birisi olabiliyor, namaz kılanlar da bu yönlere dönüyorlardı. Sadece Kıble yönünün tayini açısından bile seyir halinde bulunan bir gemide namaz kılmak ayrı bir sorundu. Ve Müslüman gemilerinde diğer dinlere mensup ülkelerin savaş gemilerinde olduğu gibi, sabit mihraplar, dua ve münacaat hücreleri veya ibadethaneler yapmak mümkün değildi. Kaldı ki, geminin seyri esnasında coğrafî mevkii de devamlı olarak değiştiğinden namaz vakitlerinin de şer’i hükümlere uygun olarak her mevki ve her tarih için ayrı ayrı hesaplanması gerekiyordu.