Fazıl Ahmed Paşa’nın en büyük başarısı, 25 yıl sürüp giden ve adeta bir kangrene dönüşen Girit’in fethini tamamlamasıdır. 1645’te Girit’ çıkan Osmanlı kuvvetleri kısa zamanda adanın bir bölümünü ele geçirmişlerse de denizden yardım alabilen ve oldukça kuvvetli bir kale olan Kandiye, 25 yıl kendisini savunmuştur.

Gerek İmparatorluk’daki otorite boşluğu, gerekse Avrupa’nın büyük bir bölümü’nün, Girit’in Osmanlı’nın eline geçmemesi için Venediklilere yardımları, bu savaşı uzattıkça uzatmıştır. Osmanlı ile birlikte hareket eden Fransa dahi Venediklilere para,  gemi ve insan desteği sağlamıştır. Bu yüzden Osmanlı ile Fransa’nın ilişkileri eski sıcaklığını kaybetmiş, gerginleşmiştir.

Girit’teki savaşlar Osmanlı iç siyasetini de etkilemiş, sadrazamlar bu yüzden görevde kalmamışlardır. Kaptan-ı Deryalar da Venediklilerle yapılan savaşların neticesine göre tayin veya azledilmişlerdir. Venedik’in savaşı yayması üzerine İstanbul’da yiyecek sıkıntısı ortaya çıkmış, halkın huzursuzluğu artmıştır.

Bu savaşlar Osmanlı maliyesini de olumsuz etkilemiştir. Devlet hazinenin ağzını kapatmak için yeni vergiler koymuştur. Aşırı vergi ve idarecilerin suiistimalleri halkı yer yer isyan ettirmiş, bazı bölgelerde asrın başında görülen Celali hareketleri yeniden başlamıştır. Fazıl Ahmed Paşa, Avusturya sınırını emniyet altına aldıktan sonra Girit sorununu halletmek için harekete geçer ve sefer hazırlıklarını yaptıktan sonra, 1666 yılı Kasım ayında Ada’ya çıkar. Ancak sadrazamın bütün çabasına rağmen Kandiye bir türlü düşmez. Ama Fazıl Ahmed Paşa azimlidir: Üç yıl kaleyi hasara eder. Sonunda Fransa, Papalık ve Malta kuvvetleri mağlup olur ve ardından Venedikliler teslim olur. Barış görüşmeleri başlar; 27 Eylül’de ise Kandiye, Osmanlı’ya teslim edilir. Böylece 25 yıl sürüp giden savaşlar sona erer.