Cem Sultan, Hicaz topraklarından döndükten sonra Memlük'te bu sefer istediği orduyu kurabilecek gücü kendinde bulabildi. Ve Cem Sultan bu orduyu kurdu. Cem Sultan'ın kurduğu ordu ile harekete geçip Konya'ya kuşatması 1482 yılında buldu. Ancak kuşatma Cem Sultan'ın istediği gibi gitmedi. Cem Sultan, Bayezid'in de birliklerini alıp gelmesiyle Konya'dan Ankara'ya çekilmek zorunda kaldı. Cem Sultan, Memlük topraklarına geri dönmek istiyordu ama bütün yollar tutulmuştu. 

Cem Sultan için sonun başlangıcı gibi duran bu hadise, Bayezid'in ona acımasıyla birlikte bambaşka bir hale bürünecekti. Bayezid ilk başta Cem Sultan'a masraflarını kendisinin karşılaması ile birlikte kendisinin Kudüs'te yaşamasını teklif etti. Yani Bayezid kardeşini öldürmek yerine onu sadece Kudüs'e doğru sürmek istiyordu ve Osmanlı topraklarından çıkartmak istiyordu. Yani kardeş katlini gerçekleştirmek istemiyordu. Ancak Cem Sultan bunu reddetti. Bununla birlikte Cem Sultan'ın yanındaki bazı beyler onun Rumeli topraklarına geçip orada saltanat için savaşmasına devam etmesini önerdi. Buradan da anlıyoruz ki Cem Sultan'ın etrafındaki pek çok farklı beyliklerden olan kişiler Osmanlı devleti içerisinde karışıklık çıkarma niyetindeydi ve bu karışıklığın devam etmesini istiyorlardı. Cem Sultan resmen Osmanlı devletine karşı kullanılan bir silaha dönüşmüştü.