Darnley bir komplo hazır­layarak Rizzo'yu kraliçenin de bulunduğu bir mekânda öldürttü, sonra da suçu başka­larına yıkıp cinayet­ten sıyrıldı. Bu ara­da Mary, Darn­ley'den bir oğul do­ğurdu. Bu çocuk, “VI. Ja­mes” adıyla İskoçya, “I. James” adıyla da İngiltere tahtına geçecekti. Kısa bir süre sonra tüm ülkenin nefret ettiği Darnley de öldürüldü: Mary Stuart onu korumamıştı.

Henüz 26 yaşında ikinci kez dul kalan Mary Stuart, aradan sadece iki ay geçtikten sonra, kocasını öldüren gru­bun elebaşılarından Boswell'e âşık oldu ve onunla, düzmece bir duruşmadaki beraatinin ardından, apar topar evlendi. Bu evlilik nefretle karşı­landı ve lanetli çift, Borthwich Şatosu'nda, balayında iken kuşatıldılar. Kaçtılar; ama Mary bu kez genel ayaklanma ile başa çıkamayacaktı.

Katoliklerin desteklediği bir ordu topladılar; ama artık İskoçların büyük çoğunluğu onlara karşıydı. Carberry Hill Savaşı'nda yenildiklerinde, Mary oğlu lehine tahtan fera­gat ettirilerek Lochleven'de bir adaya hapsedildi. Bu kez de Katolik taraftar­larının yardımıyla hapisten kaçıp yine bir ordu topladı ve Langside onun on savaşı oldu. Kesin yenilgiye uğradı ve İngiltere'ye rakibesi olarak gördüğü kuzeni Kraliçe Eliza­beth'in yanına kaçtı.

İki kraliçeliği yitirmiş olan Mary Stuart, 1 568'den başla­yarak 19 yıl boyunca sığın­macı olarak kaldığı ve sürekli izlendiği İngiltere'de de karı­şıklık çıkardı: Tarihler, onun güzel fakat fazla akıllı olmadı­ğını yazarlar. Nihayet İngilizler onu yok etmeye karar ver­dikleri zaman, “Ba­bington Komplosu” diye adlandırılacak plan hazırlandı: Elizabeth'in öldü­ğü ilan edilecek ve yerine Mary geçirilecekti. Mary ilişki kurduğu kişilere kraliçelik niyetini açıkça ifade edip komplocularla ilişkiye girmekte tereddüt etmeyince tuzağa düştü ve idama mah­kum edilerek 1587 'de öldü­rüldü.