Fatih Sultan Mehmet'in konsantinopolis ile ilgili diğer biraz sasiyeti ise Ayasofya olmuştu. Ayasofya bir kilise olduğu için ve büyük bir kilise olduğu için Osmanlı devletin eline geçtikten sonra mutlaka camiye dönüştürülmesi gerekirdi. Ancak Fatih Sultan Mehmet özel bir çabayla Ayasofya'yı koruma altına almıştır. Ayasofya'nın içindeki mozayiklerinin üzerini kapatarak kireçle sökülmelerini engelleymiş. Aynı zamanda geçici tahta minareler koydurarak Ayasofya'nın yapısını bozmadan görünüş olarak camiye bezlemesini sağlamıştır. Bugün Ayasofya'da gördüğümüz minareler ise ikinci Selim zamanında takılmıştır.

Geriye kalan pek çok kiliseyse veya manastır ise camiye ya da medreseye çevirilmiştim. İstanbul'un alınmasıyla birlikte bir diğer önemli olan değişim ise nüfus da yaşanmıştır. Bir anda Konstantinopolis'in demografik yapısında değişim olmuştur. Hatta şehri Anadolu'dan veya diğer Osmanlı topraklarından gönüllü gelenlerin istedikleri mülkez sahip olabileceği bile söylememiştir. Tanım arazileri Avrupa'dan getirilen esirlere işletilirken şehirli ağırlıklı olarak sanatçı veya eğitim üzümlerinin yaşaması sağlanmıştır. Bu sebepten dolayı da İstanbul'un aslında başkenti yapılmak istendiğinin tağı dönemden Fatih'in aklında olan bir şey olduğunu anlayabiliriz. Belli ki İstanbul pek çok konuda Osmanlı Devleti'nin merkezi haline getirilmeye çalışılır. Daha fethedilir fethedilmez. Ve ilerleyen dönemlerde de zaten İstanbul bir merkez haline geldi.